Die Trägerschaft der Frauensynoden bildet der Verein Frauen-Kirchen Synode Schweiz mit Sitz in Luzern. Im Vorstand sind die beiden grossen konfessionellen Frauenverbände EFS (Evangelische Frauen Schweiz) und SKF (Schweizerischer Katholischer Frauenbund) vertreten und eine Kontaktperson zur Europäischen Frauensynode.

Der Verein gewährleistet die Kontinuität der Frauensynoden und verwaltet das Vereinsvermögen.