La responsabilité du Synode des femmes est assumée par l'association Synode suisse des Églises de femmes, qui a son siège à Lucerne. Le comité compte des représentantes des deux grandes organisations confessionnelles de femmes, FPS (Femmes protestantes en Suisse) et SKF (Ligue suisse des femmes catholiques), une interlocutrice assurant le lien avec le Synode européen des femmes et deux représentantes de la direction régionale du projet.

L'association assure la continuité du Synode des femmes et gère le patrimoine de l'association.

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