Die Trägerschaft der Frauensynoden bildet der Verein Frauen-Kirchen Synode Schweiz mit Sitz in Luzern. Im Vorstand sind die beiden grossen konfessionellen Frauenverbände EFS (Evangelische Frauen Schweiz) und SKF (Schweizerischer Katholischer Frauenbund) vertreten, eine Kontaktperson zur Europäischen Frauensynode, dazu jeweils zwei Vertreterinnen der regionalen Projektleitung.

Der Verein gewährleistet die Kontinuität der Frauensynoden und verwaltet das Vereinsvermögen.

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